明治維新の直後、1868年に新政府によって発せられた一連の「神仏分離令」を機に、全国的に寺院、仏像、仏具などの破壊活動や、藩による寺領の没収が続出しました。今ではちょっと考えられないような出来事ですが、これを廃仏毀釈運動（廃仏運動）といいます。しかし、なぜこんなことが起きたのでしょうか。

　江戸時代には朱子学、国学や水戸学から仏教排撃の思想が広まり、明治政府の宗教政策にも受け継がれました。元々の「神仏分離令」の目的は、神社から仏教的要素を一掃し、全国の神社を直接の支配下において、国家神道政策を進めることにありました。決して仏教排斥を意図したものではなかったのです。

　ところが、江戸時代に檀家制度により威勢をふるっていた仏教に対する反感は根強くあり、低い地位に追いやられていた神官や、僧侶から収奪され続けていた民衆は、これを機に、徹底的な破壊活動を展開しだしたのです。あまりの激しさと仏教教団からの反対運動のため、明治政府はこの運動の行き過ぎを禁止する通達を出さねばならない事態になりました。

　地域により運動の程度の差はありましたが、1876年ごろまで寺院の破却は続き、全国で半分近くの寺院が廃絶され、数多くの古文書や文化財が失われたといいます。たとえば、大阪住吉大社の神宮寺の大伽藍はほとんどが壊され、奈良興福寺では食堂が壊されたうえに、五重塔が25円で売りに出されて薪にされようとしていました。

　また伊勢国（三重県）では、伊勢神宮のお膝元ということもあって激しい廃仏毀釈があり、かつて神宮との関係が深かった慶光院など100か所以上が廃寺となり、特に、神宮がある宇治山田（伊勢市）では、わずか4か月の間に196の寺が廃寺となりました。もっとも激しかった薩摩藩では、藩内の寺院1,616寺すべてが消え、僧侶2,964人すべてが還俗させられました。

　それほどに、藩政時代に寺院が有していた特権は民衆の大きな恨みを買っていたということでしょうか。しかしこれらの廃仏運動による危機的状況は、むしろ仏教覚醒の好機となり、日本近代仏教が形成される契機になったともいわれます。一方で、廃仏毀釈は、神道を国教化する運動へと結びついていき、神道を国家統合の基幹にしようとした政府の動きにかなったものになったようです。
　

　明治2年（1869年）に戊辰戦争が終結し、新政府が全国を平定しましたが、実際に権力を握って中央集権国家を建設するには、旧幕藩体制時代の”藩”を大名の手から政府へ移管する必要がありました。そこで大久保利通、木戸孝允らが根回しを行い、1月に薩長土肥の4藩が見本を示す形で、領地と領民を朝廷に奉還する「版籍奉還」の建白書を提出しました。版籍の「版」が土地、「籍」が人民の意味です。

　全国の藩主も薩長土肥にならい、6月までに274藩すべての版籍奉還が完了しました。旧藩主には家禄が与えられ、そのまま「知藩事」に任命されました。結局、封建藩主が藩を治める形に変わりはありませんでしたが、藩主が政府によって任命される一行政官となった点に大きな意味がありました｡

　しかしながら、この時期、民衆の不満はピークに達することとなりました。財力の乏しい新政府は農民に厳しい年貢を課し、徳川時代以上の重税となったのに加え、凶作に見舞われた農民たちは各地でたびたび一揆を起こしました。また急激な近代化に批判的な士族は、新政府の要人暗殺に走りました。幕末、松平春嶽のもとで活躍し新政府の参与となっていた横井小楠や、近代軍隊の基礎を作り上げた大村益次郎ら有用な人材が、相次いで暗殺されてしまいます｡

　長州藩では奇兵隊を始めとする諸隊が解体、新軍制への移行に不満を募らせ、約2千人が脱走、農民の一揆勢力などと手を組んで反乱を起こし、翌年1月には山口藩庁を包囲する事態となりました。維新の原動力となった彼らは反乱軍に成り下がり、同年2月に維新とともに戦った木戸孝允の手で鎮圧され、多くの刑死者を出す事態となりました｡